ウェザリングとオリジナル塗色

ウェザリングやオリジナル塗色の車両が作りたい！という要望。前者の用途はともかく、後者についてはもうバージョン2の頃からいったい何度同種の要望があちこちで出されただろうかという種のものですが。

車輌テクスチャの自作機能は VRM2の頃にはあったらしいですが

ないです。VRM1の頃もたぶん無かったんじゃないかな。バージョン2当時にあったのは車両制作方法に関する情報公開*1であって、ソフトウエアの「機能」として某かの実装があったわけではありません。

自動車を運転するという「隠し機能」(イースターエッグ): kzさんが過去に解説をどこかに書いていたが、その文章はネット上には現存しない。2001年工学社刊「レイアウトライブラリ」に自動車を運転しつつレイアウト内を散策するという趣向のレイアウトが収録されている。
水面の表示: これも隠し機能だったか、公式のアナウンスはなかったような気がする。単純に地面をマイナス高度で造成すると水面が現れるという実装だったが、欲張ってあっちもこっちもマイナス高度にしてもうまくいかず、水面が部分的にしか現れないこともあったような。この機能は「超高速版」リリースとともに消滅したようにも思うがはっきりしない。
車両の「無料?」ダウンロード: 「追加セット」での車両リリース以外にも随時車両の制作が行なわれていて、レイアウターのメニューからそれらの車両のダウンロードが可能でした。よく「無料」と言われてはいたのだけど、アイマジック規格・トミックス規格の各パッケージにそれらの料金があらかじめ加算されているという前提で提供されていたものだったので、あまり適当な表現とは言えないでしょう。

「水面」の表示がなくなるのは「道路機関車貨車セット」の導入後ということらしい(おそらくシステムのアップデートが行なわれた結果)。「鉄道模型シミュレーターテクニカルガイド」(工学社刊I/O別冊ムック平成12/6/25, V2の頃)に掲載の森鉄さんのレイアウトの説明に記述あり。

*1:といっても聞くところによれば(ghostさんが何かの記事中で触れていたことがあったような)大雑把な内容だったという話で、それを読めば車両をサクサク作ることができるというものではなかったようです。実際、それをもとに車両を作って公開に至ったという事例はありません。